La famiglia maschile del Carmelo inizia i suoi rapporti con Savona nell'autunno del 1625, quando i Padri Filippo di San Giacomo e Teofilo di San Carlo, presentavano formale domanda per la fondazione di un convento alle autorità locali. Gli amministratori si mostrarono favorevoli, ma il Vescovo, Mons. Francesco Maria Spinola, fu contrario, e solo dopo una riunione presso il Governatore della città a cui parteciparono anche i Padri, tenutasi tre anni dopo, esattamente il primo dicembre 1628 riuscirono a trovare un accordo con il Vescovo che pose come unica condizione che i Padri si astenessero dal chiedere l'elemosina. Arrivarono così dal Carmelo di Loano alcuni Padri che presero alloggio nella casa di un certo Francesco Rocca, situata in Borgo San Giovanni, probabilmente nei pressi dell'odierna via Venezia: il 21 dicembre 1628, il Padre Giovanni Andrea Centurione, inaugurava la nuova fondazione, nel portico di casa adattato a cappella. Dopo circa un mese traslocarono in una casa nei pressi, proprietà del nobile Paolo Pozzobonelli. Il 30 settembre 1630, quando gli Scolopi traslocarono da via Scarzeria, essi presero il loro posto. Negli anni successivi dovettero ancora trasferirsi più volte: il 2 novembre 1634 sul colle del Monticello, vicino all'oratorio di San Domenico, oggi demolito, e due anni dopo, il 17 agosto 1736, nella casa della famiglia Raimondi. Finalmente il 23 novembre 1637, comprarono una casa nei pressi dell'antica chiesa di San Pietro, vicino alla torre del Brandale, in contrada Sansoni, di proprietà dei Picco. Anche quest'ultima sistemazione, però, non permetteva la fondazione di un convento e la costruzione di una chiesa. L'occasione di una sistemazione definitiva si presentò ai primi del 1664, quando i Padri comprarono un terreno in via Untoria, nei pressi della porta Bellaria. Il 6 aprile dello stesso anno veniva inaugurata una piccola cappella provvisoria, ed il 25 dello stesso mese veniva posta la prima pietra della nuova chiesa e del convento. I lavori, per le difficoltà sorte tra gli eredi del Marchese Raimondi, che aveva lasciato i fondi per la costruzione della chiesa, ed i Padri, furono interrotti poco dopo, ripresero però nel 1667 ed il primo maggio di quello stesso anno la chiesa fu inaugurata con il titolo di Sant'Anna, mentre il convento era già abitato da qualche anno. Negli anni seguenti il 1680 la chiesa venne completata nella facciata e nella decorazione interna. Nel 1780 il convento fu ampliato utilizzando una casa attigua su via Untoria. In seguito alle leggi di soppressione napoleonica il 20 maggio 1799, i Padri dovettero lasciare il convento. Lo stesso governo della Repubblica Ligure, con una legge del 21 maggio 1799, concedeva la chiesa carmelitana di Sant'Anna all'autorità ecclesiastica, in cambio dell'antica chiesa di San Pietro, insieme con una parte del soppresso convento, da utilizzarsi come abitazione del Parroco. Il Parroco di San Pietro il vecchio prese così possesso della ex chiesa dei Carmelitani, in cui venne trasferito il titolo di San Pietro.
L'antica chiesa parrocchiale di San Pietro, sorgeva nella città vecchia, accanto alla torre del Brandale. Dopo la Cattedrale sul Priamàr è la prima chiesa che compare nei documenti, nel secolo XII fu sede di molti accordi e transazioni tra i Marchesi Del Carretto e la città di Savona .Dal 1543 al 1556 funzionò da Cattedrale provvisoria, quando quella sul Priamàr, ormai chiusa al pubblico, stava per essere demolita, ed il titolo non era ancora stato trasferito nella chiesa di San Francesco. Era una chiesa romanica a tre navate, nel 1684 fu eretta in Arcipretura, venne demolita nel 1802, e i suoi resti sono inglobati in un palazzo sull'attuale piazza del Brandale.
Nel 1814, dopo l'annessione del territorio dell'antica Repubblica Ligure al dominio di casa Savoia, in seguito ai risultati del Congresso di Vienna, i Carmelitani savonesi, ritornarono nel loro convento. Sorse così la questione tra i Padri ed il Parroco: a livello giuridico e di convivenza. Coesistevano infatti nel complesso religioso dell'Untoria i Padri Carmelitani, nella cui chiesa era stato trasferito il titolo parrocchiale di San Pietro, ed il Parroco che esercitava le sue mansioni. La diatriba continuò fino a quando Papa Pio VII, il 23 maggio 1822, dispose che la cura d'anime fosse affidata in perpetuo ai Carmelitani Scalzi, a norma dei Sacri Canoni.
Dopo la morte dell'ultimo Arciprete del clero secolare, Don Alessandro Chiappe, il 23 dicembre 1835, fu nominato il primo Arciprete Carmelitano Parroco di San Pietro, Padre Leopoldo da San Gerolamo.
Nel 1866, in seguito alla legge Siccardi, di incameramento dei beni ecclesiastici, i Padri furono nuovamente sfrattati dal convento, eccezion fatta per pochi locali, ma rimasero in possesso della chiesa. Il convento fu poi adibito a caserma. La caserma cessò di funzionare nel 1954, ed i locali furono adibiti agli usi più disparati: osteria, deposito di vini. Il convento fu restituito ai Padri Carmelitani nel 1969.
